Aerobni mikroorganizem je opisan kot vrsta organizma, ki nujno potrebuje porabo dvoatomskega kisika, da lahko živi, in je razvrščen kot fakultativni aerobni organizem, kadar lahko živi ali ne s prisotnostjo kisika.
Pridevnik aerobna ne samo uporablja za razvrstitev organizma, se lahko uporablja tudi za okolje ali presnovno reakcijo, je bila določena ime "aerobne okolje" in "aerobnega metabolizma" in sicer v obeh primerih kisika Prisoten je v obilnih količinah (označuje ga kot mikroaerofilno okolje, kadar je kisik v majhnih količinah, vendar ga ni), kot primer aerobne presnove lahko navedemo fotosintezokisik, ki v okolje prispeva velike količine kisika, katerega kisik uporabljajo evkariontske celice zaradi prisotnosti mitohondrijev, ki skrbijo za izvajanje celičnega dihalnega procesa.
Ta izraz se v glavnem uporablja pri razvrščanju patogenih mikroorganizmov, kot so bakterije, aeobne bakterije, kot navaja njihov priimek, potrebujejo prebivanje v okoljih, bogatih z dvoatomskim kisikom, da lahko pravočasno rastejo, se razmnožujejo in diferencirajo, torej so vrsta bakterij ki izvajajo celično dihanje, jih glede na potrebo po kisiku lahko razvrstimo v več skupin: stroge aerobne bakterije (obvezni aerobi) zahtevajo kisik za izvajanje svojih presnovnih procesov, fakultativne anaerobne bakterije lahko uporabljajo kisik in nato delujejo tudi brez njega, mikroaerofilne bakterijekisik uporabljajo v nizkih koncentracijah, aerotolerantne bakterije lahko živijo v prisotnosti kisika, vendar ga ne uporabljajo presnovno.
