Pri anaerobni organizmi so povsem nasprotni organizme aerobna, ne uporabljajo dvoatomarnih kisik za rast, presnovo in diferenciacije, te delo z različnimi spojine, kar opravi subclassification če omenjeni mikroorganizmi delajo s kemično spojino, imenovano piruvat pravi njegov Presnova je fermentacijska (uporabljajo fermentacijo), po drugi strani pa je druga snov drugačna od piruvata, če pravi, da gre za organizem, ki izvaja anaerobno dihanje.
Fermentacija je sestavljena iz pridobivanja kemične energije iz kataboličnega procesa in nedokončane ali nepopolne oksidacije organske spojine, po končnem izdelku pa jo lahko uvrstimo v alkoholno fermentacijo, saj ustvarja etanol, mlečna fermentacija pa mlečno kislino, maslena fermentacija, med drugim; anaerobno dihanje je sestavljeno iz transportne verige za elektrone, ki je ponavadi podobna aerobni dihali, vendar je namesto končnega akceptorja kisik, v tem primeru bi to bila katera koli anorganska spojina.
Tako kot obstajajo aerobne bakterije, obstajajo tudi anaerobne bakterije, ki lahko živijo brez kisika, nekatere pa najdemo v človeškem telesu tam, kjer kisika ni, na primer v debelem črevesu, kjer delujejo kot gnitne bakterije. Fekalije glede na odpornost na kisik lahko razvrstimo med: obvezne anaerobne bakterije, ki ne morejo rasti na območjih, kjer je kisik prisoten, saj je škodljiv in lahko povzroči njegovo izničenje, aerotolerantne bakterije nikoli ne bodo uporabljale kisika za svoje presnovne procese lahko pa živi v kisikovih okoljih, fakultativnih anaerobihkisik lahko uporabljajo kot končni akceptor elektronov, če pa so v okoljih, kjer kisika ni, uporabljajo fermentacijsko pot.
