Na znanstvenem področju je metilen modro znano kot metiltionin klorid, to je barvilo, ki se uporablja kot barvilo za pigmentiranje nekaterih delov človekovega telesa pred operacijo ali med njo. Zdravniki ga v osnovi uporabljajo kot antiseptik in notranje sredstvo za prižiganje.
Uporablja se tudi kot barva v madežih za opazovanje z mikroskopom in za barvanje rezultatov v laboratorijih, saj ima sposobnost barvanja urina in iztrebkov. Na koncu se uporablja tudi pri zdravljenju za zmanjšanje methemoglobina. Med njegovimi značilnostmi je, da gre za element, sestavljen iz kristalov, svetle temno zelene barve, nima vonja in ga zrak ne spreminja.
Lahko ga je enostavno raztopiti v vodi in preudarno v alkoholu, pri stiku z njimi pa se njegova barva spremeni v temno modro, uporablja se tudi za boj proti glivicam na nohtih, lahko tudi za barvanje belih oblačil, ko je začne rumenkasto.
V ribogojstvu se pogosto uporablja za zdravljenje okužb pri tropskih ribah, zelo učinkovit je v boju proti protozojskemu parazitu, ki je tisti, ki povzroča okužbe pri ribah. V bistvu se uporablja za nego jajc, ki so jih pred kratkim položile ribe, tako da jih ne okužijo nobene bakterije ali glive, zelo koristno je, če želite umetno inkubirati jajčeca. Ljudje lahko kupijo metilen modro brez recepta, običajno se uporablja kot lokalni antiseptik.
