Katakombe so nastale glede na rimske katakombe, ime, ki je bilo prvotno poimenovano po starodavnem pokopališču, ki se nahaja nedaleč od Apijeve poti. Pokopališče nedolžnih (v bližini Saint-Eustache, na območju Les Halles) je bil v uporabi že skoraj deset stoletij in je postal vir za okužbo za domačine. Po številnih pritožbah je državni svet 9. novembra 1785 odločil, da prepove nadaljnjo uporabo pokopališča nedolžnih in odpravi njegovo vsebino.
Neuporabljeni kamnolomi so bili izbrani za sprejem posmrtnih ostankov; mesto Pariz je pravkar zaključili splošni pregled kamnolomov za okrepitev javne ceste, ki jih slabi. Gradbena dela so bila izvedena v kamnolomu "Tombe-Issoire", pri čemer so uporabili velike količine kamna, okrepili galerije in zaključili z izkopavanjem stopnišča, obdanega z jamo, v katero so lahko vrgli kosti.
Prenos ostankov se je lahko začel po blagoslovu in posvečenju mesta 7. aprila 1786 in se nadaljeval do leta 1788, vedno v mraku in po slovesnosti, v kateri je procesija duhovnikov v surplicah zapela službo mrtvim. na cesti ob kočijah, naloženih s kostmi, ki jih je pokrivala črna tančica. Nato je do leta 1814 mesto dobilo ostanke vseh pokopališč v Parizu.
Obstajali so tudi drugi razlogi, ki so privedli do izbire podzemnih izkopov. V kristjanih je občutek skupnosti živel z veliko silo: tudi oni so želeli biti skupaj v " sanjah o smrti ".
Po rimskem zakonu je bil pokop pokojnika znotraj mestnega obzidja prepovedan, vse katakombe so bile nameščene ob velikih konzularnih cestah in na splošno v takratnih predmestjih.
Pariške katakombe so se po večmesečnem zaprtju gradbenih del ponovno odprle 14. junija 2005. Prilagojena je osvetlitev, okrepljeni so oboki in zamenjane stene kosti.
