Predstavljajo združitev dveh ali več aminokislin prek povezave med izvirnikom in peptidi. V izdelkih in v beljakovinah so te vezi povezane s peptidnimi vezmi in rezultat reakcije karboksilne skupine z amino skupino druge z izločanjem molekule vode.
Peptidno vez (CO-NH) se običajno zastopana kot enojne vezi. Brez pa ima številne značilnosti, ki približni, dvojno vez. Ker je dušik manj elektronegativen kot kisik, ima CO vez 60-odstotni značaj dvojne vezi, medtem ko je CN vez 40%. Zato imajo vezi CO in NC peptidne vezi vmesne značilnosti med enojno vezjo in dvojno vezjo. Dejansko so medatomske razdalje, izmerjene v vezah CO in CN, posredniki med enojnimi povezavami in dvojno vezjo. Ta atomska ureditev je stabilizirana z resonanco, tako da je šest atomov, ki sodelujejo pri tvorbi peptidne vezi, v isti ravnini.
Druga pomembna posledica resonance je ta, da poveča polarnost peptidne vezi in vzpostavi dipolni moment (desna slika v zgornji tabeli). Iz tega razloga lahko vsaka peptidna vez sodeluje v dveh vodikovih vezah. V enem izmed njih skupina -NH- deluje kot darovalec vodika, v drugem pa skupina -CO- kot vodikov receptor. Ta lastnost pomembno prispeva k tridimenzionalnemu zlaganju beljakovin, kot bomo videli kasneje.
Delni značaj dvojne vezi preprečuje prosto vrtenje vezi, ki povezuje C-atomi in n pri peptidne vezi. Ta togost dvojne vezi omejuje konformacijske možnosti peptidov. Obstajata dve možni konfiguraciji:
- Cis konfiguracija: dve Ca sta na isti strani dvojne vezi.
- Trans konfiguracija: dve Ca sta na drugi strani dvojne vezi.
Treba je opozoriti, da je na splošno peptidna vez predstavljena kot enojna vez. Vsekakor ima več značilnosti, zaradi katerih je blizu dvojni vezi. Zato strokovnjaki praviloma omenjajo, da ima peptidna vez lastnosti, ki jo postavljajo na pol poti med enojno in dvojno vezjo.
