Bakterije so eden najzanimivejših mikroorganizmov znotraj vseh tistih, ki jih preučujejo iz mikrobiologije. Preiskave, v katerih so ta mikroskopska in enocelična bitja glavni akterji, na splošno neposredno vplivajo na različna področja, ki so zanimiva za znanost in vse vrste človeških dejavnosti, od medicine do kmetijstva.
Če upoštevamo prehrano prokariontov, najdemo vse možnosti, ki so prisotne v živih bitjih. Ni presenetljivo, da so bakterije prvi organizmi na Zemlji in v milijardah let, ko so se razvili, so se prilagodili vsem mogočim načinom in oblikam prehrane.
Heterotrofi, večina prokariontskih celic je heterotrofnih. To pomeni, da hrano dobijo z vključitvijo organske snovi, ki jo tvorijo druga živa bitja. Med njimi je največ saprofitov, kar pomeni, da se hranijo z odmrlimi organskimi snovmi in tako prispevajo k recikliranju snovi v ekosistemih.
Izvajajo lahko aerobne katabolizme - z uporabo kisika - in anaerobne, s pomočjo fermentacij, ki so mnoge koristne za našo industrijo.
Obstajajo heterotrofne bakterije, ki živijo povezane z drugimi organizmi v obojestransko korist, zato bi bile simbiozne. Jasen primer je bakterija Escherichia coli, ki živi v človeškem črevesnem traktu. Številni rastlinojedi lahko celulozo izkoristijo zaradi mikrobne flore v svojih prebavilih, ki vsebuje encim celulazo. Druga simbioza je pri nekaterih rastlinah z bakterijami, ki fiksirajo atmosferski dušik (Rhizobium), v katerem rastlina izkoristi del dušika, ki ga fiksirajo bakterije, ta pa izkoristi del rastlinskega sladkorja.
Mnogi drugi so zajedavci, izkoriščajo organske snovi tega drugega živega bitja, ki jim povzročajo izgubo; to velja za vse patogene bakterije, ki povzročajo bolezni. Nekateri patogeni (klamidija, rahitis in nekatere mikoplazme) so poenostavili svojo strukturo in se lahko razmnožujejo le v drugi celici: so obvezni paraziti.
Znotraj eksotične skupine miksobakterij, vrste spolzkih bakterij, ki imajo sposobnost združevanja več celic, da tvorijo strukture, ki jim omogočajo selitev, vključujejo nekatere, ki so plenilci drugih bakterij.
Bakterije se hranijo s temi viri in, kot smo ugotovili, so njihove strategije preživetja zelo raznolike. Brez dvoma so vsi zgled evolucijske prilagoditve skozi zgodovino in so še danes, saj imajo temeljno vlogo v naravi in življenjskih ciklih našega planeta.
